Conservación
Desde su creación el Canal fue una estructura protegida como dominio público hidráulico, lo que supuso que estuviera defendido ante las intervenciones humanas.
Gracias a su importancia medioambiental y paisajista, la mayoría de estos humedales se encuentran protegidos por la legislación europea como Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y Lugares de Importancia Comunitaria (LIC), bajo el auspicio de las directivas “Aves” y “Habitats”. Dos tipos de hábitats que pueden encontrarse en estos sistemas lacustres son de interés comunitario: lagos eutróficos naturales con vegetación (Magnopotamion-Hydrocharition) y prados mediterráneos de hierbas altas y juncos (Molinion-Holoschoenion).
Con estas medidas, gran parte del Canal estará incluido en la Red Natura 2000, futura red de espacios de especial conservación de sus recursos naturales y en la que un medio lineal como el Canal de Castilla jugará un papel de especial importancia en la interconexión de zonas distantes en el espacio.
A nivel regional se encuentran incluidos en el Catalogo de Zonas Húmedas de Interés Especial.
A pesar de este grado de protección, muchos de estos humedales han desaparecido por la acción del hombre al ser desecadas para su conversión en terrenos para cultivos agrícolas o forestales. Además los procesos de colmatación y contaminación, quemas incontroladas de la vegetación palustre, caza y pesca furtiva o introducción de especies exóticas suponen una amenaza para la conservación de estos singulares ecosistemas.
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